На протяжении нескольких веков, еще до масштабного развития туризма на Мальдивах, Ханифару Бэй привлекал рыбаков как идеальный залив для охоты на акул.
С популяризацией на островах дайвинга, в конце 20 века, это красивейшее место было открыто для туристов. Очень быстро лагуна стала главной изюминкой атолла Баа и Мальдивских островов в целом.
После публикации National Geographic здесь можно было насчитать больше лодок, чем скатов. Наплыв дайверов, бесконтрольное вмешательство в среду обитания морских животных привело к уменьшению популяции в этой местности.
Печальная участь чуть не постигла уникальный залив в 2008 году, когда Министерство рыболовства приняло решение отдать островок Hanifaru в аренду под промышленность. Своевременные протесты спасли заповедник. Его экология осталась в сохранности.